การตรวจวินิจฉัย โรคแพ้ภูมิตัวเอง หรือ SLE ต้องอาศัยประสบการณ์และความชำนาญของแพทย์ที่ทำการรักษาเป็นสำคัญ ส่วนใหญ่แพทย์จะวินิจฉัยจากประวัติของผู้ป่วย การตรวจร่างกายพบรอยโรคร่วมกับการตรวจทางห้องปฏิบัติการ เช่น การตรวจเลือด ปัสสาวะ การตรวจเอกซเรย์หัวใจและปอด ฯลฯ